V křesťanství se jedná o pojem pro princip přešení církevních otázek z pozice schovívavosti vůči lidským nedostatkům, ve prospěch praktického užitku a případně i pohodlí. Ikonomie musí mít své hranice. Smysl ikonomie je pastýřským působením postupně dovést k nápravě věci, které nemohou být napraveny okamžitě. Místo trestu nebo přísné epitimie někdy přináší více duchovního prospěchu citlivý přístup, který toho, kdo je morálně či ve víře slabý, povzbudí k ke snaze o polepšení. Princip ikonomie dává duchovním pastýřům možnost učinit rozhodnutí, které sice nerespektuje literu církevních kánonů, ale neprotiřečí jejich duchu. Ikonomie však nemůže schvalovat či ospravelňovat páchání hříchu.
V Novém zákoně se termín "ikonomie" používá ve smyslu Boží správy, kterou koná ve svém domě, tj. jakožto Boží plán spásy lidského rodu od hříchu, utrpení a smrti. Ap. Pavel píše o ikonomii v Ef 1,9-10 (v ekum. překladu se mylně překládá jako "smysl", v B21 správněji jako "plán"; podobně i v Ef 3,9). V témže smyslu používají slovo "ikonomie" i ranněkřesťanští Otcové.
Od prvních veršů listu Efezským hovoří apoštol Pavel o tajemství „Boží vůle", kterou v dalších slovech nazývá „ikonomií milosti", „ikonomií tajemství", což znamená, že se tu ztotožňuje milost a tajemství. Dále apoštol Pavel hovoří o „Božím tajemství", i když má na mysli právě Boží milost, o „tajemství Boží vůle" (Ef 1,3- 9; 3,3- 10), a v neposlední řadě i o „tajemství Krista". Bylo by možné hovořit i o „tajemství zaslíbení", které je součástí spasitelského Božího díla, které bylo skryté v Bohu od věčnosti. V dalším textu se toto tajemství nazývá „Božím tajemstvím, kterým je Kristus" (Kol 2,2), neboť „v něm přebývá všechna plnost Božství tělesně a v něm jsme spaseni i my" (Kol 2,9). Z uvedených, ale i z mnoha jiných textů je jasné, že Boží tajemství, skryté od věčnosti, je ve skutečnosti tajemstvím Boží vůle, která je realizována právě v Kristově ikonomii vtělení pro naši spásu.
Církevní používání slova ikonomie se odvíjí "stavba domu" a "plán", čili praktické cílevědomé budování spásy každého konkrétního člověka v církvi, a zároveň od přenesného významu tohoto pojmu - čili ve smylu umění cílevědomě spravovat věci církevní i osobní život křesťana tak, aby to vedlo ke spáse. Ikonomie znamená neaplikovat kánon či disciplinární pravidlo tam, kde jeho neústupné prosazování může vyvolat skandál, pohoršení nebo další hřích.
Mluvíme-li o ikonomii, nutno se zmínit i o druhém pólu: akrivii. Reálný život církve je spleten ze dvou principů: akrivie a ikonomie. (Akrivie je přísné doslovné plnění kánonů a pravidel.) Mezi akrivií a ikonomií vždy panovalo v církevním životě jisté napětí, které však (pokud nepřeroste hranice, za nimiž dochází k destrukci vztahů či církevní jednoty) působilo blahodarně na vnitřní klima v církvi.
V současné církevní řečí se pod ikonomií většinou myslí právo duchovenstva pozastavit platnost některého církevního pravidla pro danou osobu a to v důsledku konkrétních specifických okolností a na jistý čas. Nikdo (ani všeobecný sněm) sice nemá právo zrušit ani ten nejmenší kánon, ale církev má právo pozastavit působení kánonu, a to tehdy, je-li to pro určitou dobu potřebné pro daného věřícího (či věřící místního společenství) k dosahování spásy. (Tak potvrdil používání obou principů v církevním životě jeden z konstantinopolských sněmů v polemice se sv. Theodorem Studitou a jeho žáky.)
Typickou problematikou, kde se v běžném církevním životě na farnostech nejvíce používá ikonomie, jsou postní pravidla, která jsou ve své původní podobě velice tvrdá. Je zvykem je pro dnešní dobu všeobecně zmírňovat, a pak navíc poskytovat ještě zvláštní mimořádné úlevy z postní přísnosti věřícím, kteří trpí nějakou tělesnou (či psychickou) slabostí: např. starým lidem, nemocným, těžce pracujícím, cestujícím, těhotným ženám, dětem apod. Další častým jevem je manželství s nevěřícím čili bez církevního sňatku; za dnešních okolností se považuje za vhodné neobviňovat křesťana z hříchu, neprohlašovat jeho spolužití s manželem za smilstvo, ale uznávat tento svazek za manželství. Jiný případ ikonomie: vojáku, který odchází do války, bývá umožněno, aby se oženil v době Velkého půstu, kdy je jinak konání svateb kánony přísně zakázáno. (Více o postní akrivii a ikonomii: PDF.)
Z toho je zřejmé, že každá ikonomie je už ze své podstaty dočasná (na přechodném charakteru jejím nic nemění ani, je-li používána dlouhodobě) čili časová a má splnit předem jasně definovaný účel. Bylo by pokleskem, kdyby některá ikonomie začala být vnímána jako jev trvalý, či dokonce jako nějaké nové církevní pravidlo. Rozhodně není žádná ikonomie přípustná v otázkách víry. Dogma, jako consensus patrum (společné mínění otců; to, co vždy, „všichni a všude věřili“ /sv. Vincent Lerinský/), nikdy nepodléhalo dvojímu přístupu - z hlediska akrivie či ikonomie. Dogma je nepohnutelné a závazné, je formulací části Božího zjevení víry odevzdané odevzdané Bohem skrze apoštoly Církvi (nakolik je možné Boží zjevení a víru lidskými slovy formulovat).